La Asociación Nacional para la Defensa de los Derechos Civiles (ACLU por sus iniciales en inglés) representa a Padilla en su apelación al fallo del tribunal federal de apelaciones del 4to  circuito. El tribunal falló en enero que el Congreso, no el sistema judicial, tiene jurisdicción sobre casos de detenciones militares.

El tribunal de apelaciones concluyó además que el sistema judicial debe deferir al Congreso y la rama ejecutiva en casos como el de Padilla, porque el litigio pudiera potencialmente comprometer operaciones militares y asuntos de seguridad nacional.

Padilla había argumentado que tenía derecho a demandar a Rumsfeld, al actual secretario de Defensa Leon Panetta, a la exgeneral de Brigada Catherine T. Hanft y varios otros exuncionarios porque el gobierno le privó de otros medios de buscar remedio para la forma en que fue tratado, incluso bajo el código militar. Padilla es ciudadano estadounidense.

Argumentó además que el Congreso no ha prohibido específicamente que ciudadanos estadounidenses considerados "combatientes enemigos" presenten demandas civiles, como lo hizo para el caso de personas que no tienen la ciudadanía estadounidense.

Sus abogados dijeron que Rumsfeld y sus subordinados crearon el estatus de "combatiente enemigo" para evadir las protecciones constitucionales de sospechosos y que aprobaron duros métodos de interrogatorio como los usados contra Padilla y otros.

David B. Rivkin hijo, quien representó a Rumsfeld, dijo que se sentía confiado de que la decisión del tribunal de apelaciones iba a ser ratificada.

"Esta demanda es otro ejemplo de 'guerra jurídica' que busca hostigar y distraer a aquellos funcionarios, militares y civiles, responsables de proteger la seguridad nacional", dijo Rivkin.